Chương trình NCCB trong khoa học tự nhiên giai đoạn này về cơ bản được tổ chức quản lý dựa trên cơ sở kinh nghiệm giai đoạn 1991 -1995 nhưng đã có nhiều cải tiến. về hình thức tổ chức đã mang dáng dấp Quỹ khoa học của các nưốc tiên tiến: có quy chế tuyển chọn, thẩm định, đánh giá các nhiệm vụ, quy chế về chuyên gia thẩm định, qui định một số biểu mẫu dùng cho công tác quản lý. Các loại hình tài trợ của HĐKHTN cũng được đa dạng hoa: hỗ trợ đề án nghiên cứu, hỗ trợ tổ chức hội nghị, hội thảo, hỗ trợ xuất bản sách chuyên khảo, hỗ trợ các nhà khoa học trẻ đi dự hội thảo khoa học ở nước ngoài... Kinh phí Nhà nưốc đầu tư cho NCCB ngày một tăng (Năm 2001: 20 tỷ, năm 2002: 30 tỷ, năm 2004: 45 tỷ). Tuy nhiên, HĐKHTN vẫn còn hoạt động như một cơ quan tư vấn, chưa có tư cách pháp nhân nên rất hạn chế trong việc quản lý các nhiệm vụ NCCB, việc cấp kinh phí cho các nhiệm vụ hiện nay phải thông qua các bộ/ngành chủ quản, do vậy kinh phí chuyển đến cán bộ thực hiện nhiệm vụ thường chậm so với tiến độ... Về cơ chế tổ chức và quản lý các nhiệm vụ NCCB hiện nay đã có nhiều cải tiến, đổi mói nhưng vẫn chưa hoàn chỉnh nên chưa phát huy hết tiềm năng và vai trò của NCCB trong sự nghiệp công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước.
