Khi mới tách ra từ Khoa Địa lý - Địa chất năm 1996, Khoa Địa lý có 2 chuyên ngành đào tạo thạc sĩ và tiến sĩ là: Bảo vệ, sử dụng hợp lý và tái tạo tài nguyên thiên nhiên, Địa mạo và Cổ địa lý. Đến nay Khoa Địa lý có 6 chuyên ngành đào tạo thạc sĩ và 4 chuyên ngành đào tạo tiến sĩ:
- Các chuyên ngành đào tạo thạc sĩ gồm: Sử dụng và bảo vệ tài nguyên môi trường, Địa lý học, Địa mạo và Cổ Địa lý, Địa lý tự nhiên, Bản đồ viễn thám và Hệ thông tin địa lý, Địa chính.
- Các chuyên ngành đào tạo tiến sĩ gồm: Sử dụng và bảo vệ tài nguyên môi trường, Địa mạo và Cổ Địa lý, Địa lý tự nhiên, Bản đồ viễn thám và Hệ thông tin địa lý.
