Hiện nay Khoa Địa chất tiến hành đào tạo sau đại học 4 chương trình thạc sĩ và 7 chương trình đào tạo tiến sĩ. Cụ thể, các chương trình đào tạo thạc sĩ gồm: Địa chất học, Thạch học, khoáng vật học và địa hóa học, Địa chất khoáng sản và thăm dò, Địa vật lý. Các chương trình đào tạo tiến sĩ gồm: Địa kiến tạo, Cổ sinh và Địa tầng, Địa hóa học, Khoáng vật học, Thạch học, Địa chất tìm kiếm và Thăm dò, Địa vật lý.
