Hiện nay trường Đại học Khoa học Tự nhiên đang thực hiện quy chế đào tạo sau đại học ở Đại học Quốc gia Hà Nội đối với cao học và nghiên cứu sinh các khóa từ năm 2007. Việc chuyển đổi chương trình đào tạo đang hướng theo hình thức tín chỉ. Tuy nhiên, việc tổ chức quản lý đào tạo vẫn áp dụng hình thức niên chế.
