Cùng vối việc đổi mới mục tiêu, nội dung, chương trình và đa dạng hoa các loại hình đào tạo, cơ chế quản lý giáo dục đại học cũng đã được cải tiến một bước nhằm nâng cao vai trò quản lý của Nhà nước cũng như phát huy tính chủ động, sáng tạo của các trường đại học. Có thể nói, đổi mới cơ chế, chính sách của Nhà nước đã góp phần thúc đẩy giáo dục đại học phát triển. Tuy vậy, nhiều năm qua, cơ chế, chính sách của Nhà nưốc (trong đó có cơ chế quản lý tài chính) đối với giáo dục đại học vẫn còn nhiều hạn chế, bất cập chưa phù hợp vối xu thế phát triển của đất nước.
